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新冠病毒發(fā)生基因突變 媒體:發(fā)源地宿主仍待明

時(shí)間:2020-03-05 16:49來(lái)源:網(wǎng)絡(luò)整理 瀏覽:
3月3日,科學(xué)出版社出版的綜合性英文學(xué)術(shù)期刊《國(guó)家科學(xué)評(píng)論》,刊發(fā)題為《關(guān)于新冠病毒的起源和持續(xù)進(jìn)化》的論文。文章顯示,研究人員共在103株

3月3日,科學(xué)出版社出版的綜合性英文學(xué)術(shù)期刊《國(guó)家科學(xué)評(píng)論》,刊發(fā)題為《關(guān)于新冠病毒的起源和持續(xù)進(jìn)化》的論文。文章顯示,研究人員共在103株測(cè)序毒株的149個(gè)位點(diǎn)發(fā)現(xiàn)了突變。

“這意味著,新冠病毒發(fā)生了基因序列突變?!毕愀鄞髮W(xué)新發(fā)傳染性疾病國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室深圳分室副主任朱華晨向新京報(bào)記者分析稱,目前,變異并不算大,但也不能輕視,要警惕這些突變可能產(chǎn)生的病毒表型和行為的變化。比如,對(duì)人體的致病性、影響的器官部位、排毒的時(shí)間、途徑,還有傳播能力的改變等。

新冠肺炎疫情發(fā)生以來(lái),《柳葉刀》、《新英格蘭醫(yī)學(xué)雜志》、《科學(xué)》等科研雜志網(wǎng)站,陸續(xù)上線多篇相關(guān)論文,對(duì)病毒來(lái)源、疫情發(fā)展、臨床特征等方面進(jìn)行解析。

新京報(bào)記者梳理發(fā)現(xiàn),至少兩篇論文提出,2019年12月,新冠病毒已在武漢發(fā)生人際傳播。武漢華南海鮮市場(chǎng)被視為早期病例的主要感染來(lái)源地,但2019年12月1日發(fā)病的一名患者并無(wú)該市場(chǎng)暴露史,這為病毒來(lái)源打上了問(wèn)號(hào)。

美國(guó)喬治敦大學(xué)傳染病學(xué)專家丹尼爾·盧西(Daniel Lucey)分析,在2019年12月下旬華南海鮮市場(chǎng)出現(xiàn)大量確診病例之前,病毒可能已經(jīng)悄悄地在武漢人與人之間傳播,也有可能在武漢之外的地方。即病毒可能從其他地方進(jìn)入武漢華南海鮮市場(chǎng)。

對(duì)于病毒起源,學(xué)界普遍認(rèn)為,新冠病毒系自然起源,是一種動(dòng)物源性病毒。目前的全基因組基因序列系統(tǒng)進(jìn)化分析結(jié)果顯示,蝙蝠可能是該病毒的宿主,但中間宿主尚未查明。

 ▲1月27日,國(guó)家病原微生物資源庫(kù)公布首株環(huán)境樣本分離的新型冠狀病毒信息。來(lái)自中國(guó)疾控中心官網(wǎng)

▲1月27日,國(guó)家病原微生物資源庫(kù)公布首株環(huán)境樣本分離的新型冠狀病毒信息。來(lái)自中國(guó)疾控中心官網(wǎng)

武漢華南海鮮市場(chǎng)可能并非新冠肺炎疫源地

2019年12月31日,武漢市衛(wèi)健委通報(bào)稱,近期,部分醫(yī)療機(jī)構(gòu)發(fā)現(xiàn)接診的多例肺炎病例與華南海鮮市場(chǎng)有關(guān)聯(lián)。自此之后,該市場(chǎng)成為新冠病毒溯源研究的重點(diǎn)。

2020年1月27日,中國(guó)疾控中心病毒病所公布新冠病毒溯源研究階段性進(jìn)展:首次從武漢華南海鮮市場(chǎng)的585份環(huán)境樣本中,檢測(cè)到33份樣品含有新型冠狀病毒核酸,并成功在陽(yáng)性環(huán)境標(biāo)本中分離病毒。調(diào)查顯示,此前該市場(chǎng)中有非法售賣野生動(dòng)物現(xiàn)象?!案叨葢岩纱舜我咔榕c野生動(dòng)物交易有關(guān)?!?/p>

1月28日,中疾控更新的《2019新型冠狀病毒疫情進(jìn)展和風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估》中強(qiáng)調(diào),病毒從動(dòng)物到人的溢出和完成適應(yīng)性變異過(guò)程,是否發(fā)生在武漢華南海鮮批發(fā)市場(chǎng),尚需進(jìn)一步證實(shí),但武漢華南海鮮批發(fā)市場(chǎng),是疫情早期病例的主要感染來(lái)源地。

▲武漢華南海鮮批發(fā)市場(chǎng)。新京報(bào)記者 游天燚 攝

▲武漢華南海鮮批發(fā)市場(chǎng)。新京報(bào)記者 游天燚 攝

武漢市金銀潭醫(yī)院副院長(zhǎng)黃朝林、中日友好醫(yī)院呼吸與危重癥醫(yī)學(xué)科主任曹彬、北京地壇醫(yī)院傳染病臨床研究中心教授李興旺等多位專家,于1月24日發(fā)表在醫(yī)學(xué)期刊《柳葉刀》的論文,分析了新冠肺炎患者的臨床特征。該論文的研究對(duì)象——41名患者系武漢市首批確診的新冠肺炎病例,其中66%(27例)有華南海鮮市場(chǎng)接觸史,其余均無(wú)。

值得注意的是,該論文中提及的41名患者中,有一名患者從2019年12月1日開(kāi)始出現(xiàn)癥狀。這是目前公開(kāi)資料中最早發(fā)病的病例。但其并無(wú)華南海鮮市場(chǎng)暴露史,家人也沒(méi)有出現(xiàn)發(fā)熱和呼吸道疾病?!笆桌±秃罄m(xù)病例之間,沒(méi)有發(fā)現(xiàn)流行病學(xué)關(guān)聯(lián)?!?/p>

這名于2019年12月1日出現(xiàn)癥狀的患者,引起多位研究人員的關(guān)注。當(dāng)?shù)貢r(shí)間2020年1月26日,《科學(xué)》雜志網(wǎng)站報(bào)道稱,武漢華南海鮮市場(chǎng)可能并非新冠肺炎的疫源地。

美國(guó)喬治敦大學(xué)傳染病學(xué)專家丹尼爾·盧西(Daniel Lucey)分析,在2019年12月下旬華南海鮮市場(chǎng)出現(xiàn)大量確診病例之前,病毒可能已經(jīng)悄悄地在武漢人與人之間傳播,也有可能在武漢之外的地方。

美國(guó)斯克利普斯研究所進(jìn)化生物學(xué)家克里斯蒂安·安德森(Kristian Andersen)分析認(rèn)為:可能有人在華南海鮮市場(chǎng)之外感染了病毒,之后帶入該市場(chǎng);也有可能病毒來(lái)源于進(jìn)入該市場(chǎng)的被感染的動(dòng)物。

 1月24日,武漢市金銀潭醫(yī)院副院長(zhǎng)黃朝林等專家在《柳葉刀》上發(fā)表論文。論文分析了41名武漢首批確診的新冠肺炎患者的臨床特征。論文顯示,最早的確診病例無(wú)武漢華南海鮮市場(chǎng)接觸史,發(fā)病時(shí)間為2019年12月1日。論文截圖

1月24日,武漢市金銀潭醫(yī)院副院長(zhǎng)黃朝林等專家在《柳葉刀》上發(fā)表論文。論文分析了41名武漢首批確診的新冠肺炎患者的臨床特征。論文顯示,最早的確診病例無(wú)武漢華南海鮮市場(chǎng)接觸史,發(fā)病時(shí)間為2019年12月1日。論文截圖

基因突變未必會(huì)明顯改變病毒功能與行為

病毒究竟從何而來(lái),目前仍無(wú)定論。但學(xué)界普遍認(rèn)為,新冠病毒系自然起源,是一種動(dòng)物源性病毒。

2月19日,《柳葉刀》在線發(fā)表的一篇通訊文章中,來(lái)自8個(gè)國(guó)家的27名公共衛(wèi)生領(lǐng)域科研人員簽署聲明,譴責(zé)“新冠病毒并非自然起源”的陰謀論。

國(guó)家衛(wèi)健委2月29日發(fā)布的《中國(guó)-世界衛(wèi)生組織新型冠狀病毒肺炎(COVID-19)聯(lián)合考察報(bào)告》顯示,新型冠狀病毒具有冠狀病毒家族的典型特征,屬于β-冠狀病毒。

上述報(bào)告指出,對(duì)新冠病毒的全基因組序列和已有的其他β-冠狀病毒的全基因組序列進(jìn)行一致性比對(duì)后顯示,該病毒與蝙蝠攜帶的SARS樣冠狀病毒RaTG13株全基因組親緣關(guān)系最近,同源性為96%。此亦為中國(guó)科學(xué)院武漢病毒研究所研究員石正麗團(tuán)隊(duì)的研究結(jié)論。相關(guān)論文1月末已發(fā)布在bioRxiv預(yù)印版平臺(tái),2月初《自然》雜志收稿、在線發(fā)布。

《柳葉刀》1月30日在線發(fā)表的中疾控研究團(tuán)隊(duì)論文,也認(rèn)為新冠病毒的原始宿主可能是蝙蝠,中間宿主未明。雖然另有研究稱穿山甲或是潛在的中間宿主,但目前仍不能確定。

上述中國(guó)與世衛(wèi)組織聯(lián)合考察報(bào)告也強(qiáng)調(diào),新冠病毒是一種動(dòng)物源性病毒。目前的全基因組基因序列系統(tǒng)進(jìn)化分析結(jié)果顯示,蝙蝠似乎是該病毒的宿主,但中間宿主尚未查明。該報(bào)告附件中還稱,對(duì)病毒的動(dòng)物來(lái)源和天然宿主、初始階段動(dòng)物到人的感染過(guò)程、早期暴露史不詳?shù)牟±葌魅驹捶矫娴膯?wèn)題仍存知識(shí)局限。

而找到人類感染的直接源頭與動(dòng)物宿主,才能從根本上切斷傳染源與傳播鏈。此前,香港大學(xué)新發(fā)傳染性疾病國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室深圳分室副主任朱華晨,接受新京報(bào)記者采訪時(shí)曾如此分析。

冠狀病毒是正鏈RNA病毒,易于發(fā)生突變與重組。世衛(wèi)組織總干事譚德塞1月下旬亦曾提醒,防控工作還要考慮病毒隨時(shí)可能出現(xiàn)的基因突變。

3月3日,科學(xué)出版社出版的綜合性英文學(xué)術(shù)期刊《國(guó)家科學(xué)評(píng)論》(National Science Review),刊發(fā)了論文《關(guān)于新冠病毒的起源和持續(xù)進(jìn)化》,來(lái)自北京大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院生物信息中心等科研機(jī)構(gòu)的研究人員,通過(guò)對(duì)103株新冠病毒基因組的群體遺傳學(xué)分析,發(fā)現(xiàn)新冠病毒演化出兩種主要類型(L型和S型)。武漢市疫情暴發(fā)初期以L型流行為主,2020年1月初以后L型流行頻率下降。此外,研究團(tuán)隊(duì)共在103株測(cè)序毒株的149個(gè)位點(diǎn)發(fā)現(xiàn)了突變。

 刊發(fā)在《國(guó)家科學(xué)評(píng)論》(National Science Review)的論文《關(guān)于新冠病毒的起源和持續(xù)進(jìn)化》。網(wǎng)頁(yè)截圖

刊發(fā)在《國(guó)家科學(xué)評(píng)論》(National Science Review)的論文《關(guān)于新冠病毒的起源和持續(xù)進(jìn)化》。網(wǎng)頁(yè)截圖

對(duì)此,朱華晨向新京報(bào)記者分析,不是說(shuō)所有突變點(diǎn)都集中于一株病毒,而是說(shuō)已知的103株病毒凡有不同的位點(diǎn),統(tǒng)統(tǒng)羅列出來(lái),共有149個(gè)位點(diǎn)不同。這意味著,新冠病毒發(fā)生了基因序列突變,但變異并不算大。“這在RNA病毒復(fù)制、演化上屬于比較正常的現(xiàn)象?!焙芏嗤蛔兛赡軟](méi)有生物學(xué)意義,也就是說(shuō)未必會(huì)明顯改變病毒的功能與行為。

但她強(qiáng)調(diào),也不能輕視病毒的變異,因?yàn)楣跔畈《臼钦淩NA病毒,易于發(fā)生突變與重組,要密切留意關(guān)鍵基因位點(diǎn)上的變化,持續(xù)監(jiān)測(cè)病毒的演化方式,并警惕這些突變可能產(chǎn)生的病毒表型和行為的變化。比如,對(duì)人體的致病性、影響的器官部位、排毒的時(shí)間、途徑,還有傳播能力的改變等,都需要重點(diǎn)關(guān)注。

去年12月中旬已發(fā)生人際傳播,存在無(wú)癥狀感染者

1月20日,國(guó)家衛(wèi)健委高級(jí)別專家組組長(zhǎng)、中國(guó)工程院院士鐘南山公開(kāi)表示,根據(jù)目前的資料,可以證實(shí)新冠病毒存在人傳人現(xiàn)象。他介紹,廣東有2個(gè)病例,沒(méi)去過(guò)武漢,但家人去過(guò)武漢后染上了新冠肺炎。

同日晚間,廣東珠海市衛(wèi)生健康局披露了一起家庭聚集性病例。父母親于1月11日自武漢乘坐高鐵到珠海女兒家,1月15日父親感到不適就診,1月17日初步診斷為新冠肺炎疑似病例,母親及女兒也先后出現(xiàn)發(fā)熱等癥狀,后均確診。

就在當(dāng)天早些時(shí)候(1月20日凌晨2時(shí)許),廣東省衛(wèi)健委在官網(wǎng)披露,國(guó)家衛(wèi)健委前一日確認(rèn)該省首例新冠肺炎確診病例?;颊呤羌易∩钲诘?6歲男性,2019年12月29日曾到武漢探親。根據(jù)深圳市衛(wèi)健委后來(lái)披露的信息,這也是一起家庭聚集性病例。該男子與妻子、女婿、外孫等從武漢探親返深后,沒(méi)去過(guò)武漢的親家母也感染了。

《柳葉刀》1月24日在線發(fā)表的一篇家庭聚集性病例研究論文中,香港大學(xué)李嘉誠(chéng)醫(yī)學(xué)院微生物學(xué)系、香港大學(xué)深圳醫(yī)院臨床微生物及感染控制科研究人員詳細(xì)分析了上述深圳病例。在前往武漢的6名家屬中,有5人被確認(rèn)感染了新冠病毒。在武漢期間,這6名家庭成員都沒(méi)有接觸過(guò)動(dòng)物,也沒(méi)有去過(guò)包括華南海鮮市場(chǎng)在內(nèi)的市場(chǎng)。但有2人去過(guò)武漢一家醫(yī)院,探望因高熱性肺炎住院的親屬。

 ▲有武漢旅行史的返深圳家庭中,多名家庭成員呈現(xiàn)肺部多發(fā)磨玻璃樣改變,其中10歲的患者為無(wú)癥狀感染者。論文截圖

▲有武漢旅行史的返深圳家庭中,多名家庭成員呈現(xiàn)肺部多發(fā)磨玻璃樣改變,其中10歲的患者為無(wú)癥狀感染者。論文截圖

一家人返回深圳后,女兒、女婿及孩子和親家母住在一起。1月8日,親家母出現(xiàn)背痛、全身無(wú)力等癥狀,在當(dāng)?shù)匾会t(yī)院接受頭孢克洛治療后無(wú)好轉(zhuǎn),并出現(xiàn)發(fā)燒、干咳等癥狀,于1月11日再次就診。而她在過(guò)去14天內(nèi)并未去過(guò)武漢或深圳市場(chǎng),后確診新冠肺炎。

論文分析道,存在幾種傳播可能性。其中最可能的情況是,在武漢某醫(yī)院探望親屬時(shí)未戴口罩的孩子外婆被感染,一家人返回深圳后將病毒傳染給孩子奶奶?!把芯勘砻鳎@種新型冠狀病毒可能在家庭、醫(yī)院存在人傳人現(xiàn)象,并可能在城市間傳播,因此在流行早期階段就應(yīng)警惕,采取措施加以控制。”

值得注意的是,這起家庭聚集性病例中,還有一例無(wú)癥狀感染者(10歲)。上述論文提出,盡早隔離病人、追蹤和隔離接觸者至關(guān)重要,因?yàn)槿?0歲患者所示,可能存在無(wú)癥狀感染。

醫(yī)學(xué)期刊《新英格蘭醫(yī)學(xué)雜志》1月29日在線發(fā)表的新冠肺炎初期傳播動(dòng)力學(xué)論文證實(shí),密切接觸者之間的人際傳播從12月中旬開(kāi)始已經(jīng)發(fā)生,并在此后一個(gè)月內(nèi)逐漸散播?!拔覀児烙?jì)R0(基本傳染數(shù))約為2.2,這意味著每例患者平均將感染傳給了另外2.2人。”

該論文申明,對(duì)R0的估計(jì)僅限于1月4日之前,論文作者來(lái)自中國(guó)疾控中心等單位,據(jù)稱是根據(jù)截至1月23日上報(bào)的425例確診病例(包括15名醫(yī)務(wù)人員)所做的回顧性分析。

鐘南山1月20日曾提到有醫(yī)務(wù)人員感染,“圍繞一個(gè)感染者病例,因?yàn)樽o(hù)理各方面(情況),有14名醫(yī)務(wù)人員感染?!边@也被視為明確的人傳人證據(jù)。

據(jù)中國(guó)-世界衛(wèi)生組織聯(lián)合考察組了解,大多數(shù)醫(yī)務(wù)人員感染是發(fā)生在武漢疫情暴發(fā)早期,“當(dāng)時(shí)應(yīng)對(duì)這種新疾病的物資和經(jīng)驗(yàn)較為缺乏。”

尚無(wú)經(jīng)過(guò)證實(shí)的特異性抗病毒或免疫調(diào)節(jié)藥物可改善預(yù)后

據(jù)國(guó)家衛(wèi)健委3月3日印發(fā)的《新型冠狀病毒肺炎診療方案(試行第七版)》目前所見(jiàn)傳染源主要是新型冠狀病毒感染的患者,無(wú)癥狀感染者也可能成為傳染源。

經(jīng)呼吸道飛沫和密切接觸傳播是主要的傳播途徑。在相對(duì)密閉的環(huán)境中長(zhǎng)時(shí)間暴露于高濃度氣溶膠情況下存在經(jīng)氣溶膠傳播的可能。由于在糞便及尿中可分離到新型冠狀病毒,應(yīng)注意糞便及尿?qū)Νh(huán)境污染造成氣溶膠或接觸傳播。易感人群方面,普遍易感。

基于目前的流行病學(xué)調(diào)查,潛伏期1-14天,多為3-7天。以發(fā)熱、干咳、乏力為主要表現(xiàn)。少數(shù)患者伴有鼻塞、流涕、咽痛、肌痛和腹瀉等癥狀。

中國(guó)疾控中心2月17日在《中華流行病學(xué)雜志》網(wǎng)站預(yù)發(fā)表的論文,對(duì)截至2月11日中國(guó)內(nèi)地報(bào)告所有病例的流行病學(xué)特征進(jìn)行了描述和分析。在44672例確診病例中,大多數(shù)年齡在30~79歲(86.6%),湖北?。?4.7%),輕癥病例為主(80.9%)。確診病例中,死亡1023例,粗病死率為2.3%。在死亡病例中,大多數(shù)為60歲及以上患者,且患有基礎(chǔ)性疾病,如高血壓、心血管疾病和糖尿病等。

 ▲截至2020年2月11日新型冠狀病毒肺炎確診病例報(bào)告日期、發(fā)病日期流行曲線。圖片來(lái)自《中華流行病學(xué)雜志》網(wǎng)站

▲截至2020年2月11日新型冠狀病毒肺炎確診病例報(bào)告日期、發(fā)病日期流行曲線。圖片來(lái)自《中華流行病學(xué)雜志》網(wǎng)站

上述論文發(fā)病流行曲線還顯示,2019年12月發(fā)病的病例,可能為小范圍暴露傳播模式;2020年1月,可能是擴(kuò)散傳播模式。在1月23-26日左右達(dá)到峰值,并且觀察到發(fā)病數(shù)下降趨勢(shì)。

另?yè)?jù)國(guó)家衛(wèi)健委2月29日發(fā)布的《中國(guó)-世界衛(wèi)生組織新型冠狀病毒肺炎(COVID-19)聯(lián)合考察報(bào)告》,截至2月20日,55924例實(shí)驗(yàn)室確診病例中有2114例死亡,粗病死率為3.8%。粗病死率因地區(qū)和傳播強(qiáng)度而異,武漢5.8%,中國(guó)其他地區(qū)0.7%。且疫情暴發(fā)早期較高,隨著時(shí)間推移有所下降,“聯(lián)合考察組注意到醫(yī)療服務(wù)水平在疫情進(jìn)展過(guò)程中發(fā)生了變化。”

武漢市金銀潭醫(yī)院等醫(yī)療機(jī)構(gòu)臨床醫(yī)生,整理99例患者流行病學(xué)及臨床特征時(shí),曾提及患者治療方面的問(wèn)題,相關(guān)論文于1月29日發(fā)表在《柳葉刀》。

論文提到,新冠病毒可能主要作用于淋巴細(xì)胞,特別是T淋巴細(xì)胞,SARS時(shí)也是如此。病毒可能在體內(nèi)誘發(fā)細(xì)胞因子風(fēng)暴,產(chǎn)生一系列免疫反應(yīng)。一些患者病情發(fā)展迅速,出現(xiàn)急性呼吸窘迫綜合征(ARDS)和敗血性休克,最終導(dǎo)致多器官衰竭。“因此,早發(fā)現(xiàn)并及時(shí)處理危重病例至關(guān)重要?!痹撜撐奶岢觯ㄗh靜脈注射免疫球蛋白以增強(qiáng)重癥患者的抗感染能力。

“目前,尚無(wú)經(jīng)過(guò)證實(shí)的特異性抗病毒或免疫調(diào)節(jié)藥物可改善預(yù)后。”上述中國(guó)-世界衛(wèi)生組織聯(lián)合考察報(bào)告稱,診療方案內(nèi)容包括按臨床嚴(yán)重程度采取支持治療,以及試驗(yàn)性治療如磷酸氯喹、洛匹那韋/利托那韋等。對(duì)危重者應(yīng)用插管/無(wú)創(chuàng)通氣和ECMO可以提高生存率。

據(jù)國(guó)家衛(wèi)健委公布的最新情況,截至3月3日24時(shí),據(jù)31個(gè)省(自治區(qū)、直轄市)和新疆生產(chǎn)建設(shè)兵團(tuán)報(bào)告,現(xiàn)有確診病例27433例(其中重癥病例6416例),累計(jì)治愈出院病例49856例,累計(jì)死亡病例2981例,累計(jì)報(bào)告確診病例80270例,現(xiàn)有疑似病例520例。累計(jì)追蹤到密切接觸者666397人,尚在醫(yī)學(xué)觀察的密切接觸者36432人。

累計(jì)收到港澳臺(tái)地區(qū)通報(bào)確診病例152例:香港特別行政區(qū)100例(出院37例,死亡2例),澳門特別行政區(qū)10例(出院9例),臺(tái)灣地區(qū)42例(出院12例,死亡1例)。


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